Podczas wizyty na Zamku Królewskim możemy podziwiać wystrój reprezentacyjnych komnat (Sala Senatorska, Poselska, Sala Pod Ptakami) i prywatnych apartamentów królewskich (prywatne pokoje królewskie, komnaty świty dworskiej, pomieszczenia dla gości). We wnętrzach kryją się dużej wartości artystycznej obrazy i meble. Do szczególnych pamiątek należy Szczerbiec - miecz koronacyjny królów Polski oraz kolekcja arrasów króla Zygmunta Augusta. W zbrojowni wystawione są: miecze, rapiery, szpady, szable, kusze, strzelby, pistolety i zbroje.

Zamkowi na Wawelu towarzyszy katedra - miejsce, w którym koronowani byli królowie polscy. Obecnie miejsce pochówku zarówno królów, jak też bohaterów i wieszczów narodowych. Przy katedrze znajduje się pokryta złotą kopułą Kaplica Zygmuntowska, zaś na wieży - olbrzymich rozmiarów dzwon Zygmunt.

Wzgórze wawelskie ma też smoczą jamę - jaskinię usytuowaną w zachodniej części zbocza.

Gmach Główny (Aleja 3 Maja 1) - mieści się tu druga co do wielkości w kraju galeria militariów ukazująca historię wojskowości polskiej od X wieku do okresu II Wojny Światowej. Wśród eksponatów znalazły się: znak hetmański, szczerozłoty buzdygan, zbiór mundurów polskich, strzelające maczugi, czy strzelby o kilku lufach.

Prezentowana jest również kolekcja rzemiosła artystycznego, na którą składają się: meble, ceramika, szkło, tkaniny, ubiory (m.in. strój szlachecki po Janie Potockim), instrumenty muzyczne, zegary, biżuteria, srebrne naczynia, judaiki.

Ponad 3 tysiące metrów kwadratowych zajmuje Galeria Sztuki Polskiej XX wieku. Ekspozycja pozwala zapoznać się z dorobkiem najwybitniejszych polskich artystów tego okresu.

Galeria Sztuki Polskiej XIX wieku w Sukiennicach (Rynek Główny 1) - to w tym miejscu prezentowany jest "Hołd Pruski" Jana Matejki. Są też płótna: Marcelego Bacciarellego, Piotra Michałowskiego, Jacka Malczewskiego, Józefa Chełmońskiego.

Dom Jana Matejki (ul. Floriańska 41). Dom, w którym urodził się i mieszkał Jan Matejko to miejsce, gdzie zostały zgromadzone nie tylko prace artysty, ale też liczne wyroby rzemiosła artystycznego, ubiory oraz militaria, którymi się otaczał.

Muzeum Książąt Czartoryskich (ul. św. Jana 19). W muzeum mieści się m.in. Galeria Malarstwa Europejskiego. Zbiory obejmują okres od średniowiecza do połowy XIX wieku. Jedną z najcenniejszych prac jest obraz "Dama z gronostajem" Leonarda Da Vinci. Kolekcję dopełniają rzeźby polskie i zagraniczne.

Muzeum Stanisława Wyspiańskiego (ul. Szczepańska 11) - zawiera największą w Polsce kolekcję prac Wyspiańskiego.

Pałac Biskupa Erazma Ciołka (ul. Kanoniczna 17). W pałacu zostały zgromadzone dzieła polskiej sztuki średniowiecznej, renesansowej i barokowej. Jest też zbiór sztuki cerkiewnej, na który składa się m.in. kolekcja XV i XVI-wiecznych ikon z rejonu Karpat.

W strukturze muzeum funkcjonują m.in. Pałac Krzysztofory, Stara Synagoga, Fabryka Schindlera, Apteka pod Orłem, Ulica Pomorska, Kamienica Hipolitów, Celestat, Podziemia Rynku...

Pałac Krzysztofory (Rynek Główny 35) - zostały tu zebrane przedmioty związane z historią Krakowa: insygnia władz miejskich, broń, wyroby rzemiosła artystycznego, tarcze legionowe. Obejrzymy również obrazy Jacka Malczewskiego, czy Juliusza i Wojciecha Kossaków. W pałacu organizowane są pokonkursowe wystawy szopek krakowskich.

Stara Synagoga (ul. Szeroka 24) - wybudowana w XV wieku. Jest najstarszą z zachowanych w Polsce synagog. W jej wnętrzach prezentowane są przedmioty żydowskiej sztuki obrzędowej a także eksponaty związane z życiem rodziny żydowskiej.

Fabryka Schindlera (ul. Lipowa 4) - dokumenty, zdjęcia, filmy i prezentacje multimedialne pokazują losy polskiej i żydowskiej ludności z okresu II Wojny Światowej.

Apteka pod Orłem (Plac Bohaterów Getta 18) - apteka, która w czasie II Wojny Światowej znajdowała się w obrębie getta dla krakowskich Żydów. Znajdująca się tu ekspozycja ukazuje dramatyczną historię społeczności żydowskiej w okresie okupacji hitlerowskiej.

Ulica Pomorska (ul. Pomorska 2) - oddział, w którym do dziś zachowały się cele byłego aresztu gestapo - miejsce torturowania więźniów.

Kamienica Hipolitów (Plac Mariacki 3) - specjalnie zaaranżowane wnętrza ukazują warunki życia zamożnych krakowian w okresie od XVII do XiX wieku.

Celestat (ul. Lubicz 16) - autentyczna siedziba krakowskiego bractwa kurkowego, w której wśród zgromadzonych pamiątek znalazły się m.in. portrety królów kurkowych, berła, laski, łańcuchy, puchary, medale a także dawna broń.

Podziemia Rynku (Rynek Główny 1) - multimedialne muzeum, które przy użyciu najnowocześniejszej techniki przedstawia historię Krakowa